有脚气的鞋子多久真菌会消失不能完全确定，可能在十几天到几个月才会消失。真菌相对存活时间比较长，可以存活三个月左右，可能会附着在鞋子上面，这种病原菌生命力相对比较顽强，由于所处环境不一样，环境温度不同，所以生存时间也可能会存在一定差异。

脚气主要是受到了真菌感染所引起的一种疾病，又被称作为足癣，这些真菌可能会附着在各个物体上面，比如附着在袜子或者是鞋子上面，如果鞋子里面比较潮湿，属于酸性环境，非常有利于真菌生长，为真菌生存繁殖提供了所需要的水分、适宜的温度，还有有机物，导致真菌不能在短时间内发生死亡，因此消失时间较长，可能会存留几个月。如果经常晾晒鞋子，或者鞋子内的温度比较高，真菌繁殖的速度相对会比较缓慢，可能十几天就会消失。

对于脚气的患者，可以口服抗菌药物治疗，可去医院皮肤科进行真菌镜检查，明确病因后遵医嘱使用克霉唑乳膏、复方硝酸咪康唑软膏、盐酸阿莫罗芬搽剂等，能达到快速抗菌、消炎的效果，有助于病情得到控制。患者在平时要注意晾晒鞋袜，穿透气性比较好的鞋子，避免与他人共用毛巾、脚盆、拖鞋等，以免出现交叉感染。